简单易懂!教你如何在Linux系统中安装FFTW3 (linux安装fftw3)
如何在Linux系统中安装FFTW3
FFTW3是一款高速傅里叶变换库,广泛应用于科学计算和信号处理领域。在Linux系统中安装FFTW3比较简单,只需按照以下步骤操作即可。
1.下载FFTW3
您需要从FFTW3官方网站(http://www.fftw.org/download.html)下载最新版本的FFTW3源代码。请选择适合您系统的版本,例如FFTW-3.3.9.tar.gz。
在终端中输入以下命令:
wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.9.tar.gz
2.解压源代码
下载完成后,您需要将FFTW3源代码解压。在终端中输入以下命令:
tar -xzvf fftw-3.3.9.tar.gz
此时,您的工作目录下会出现一个名为fftw-3.3.9的文件夹,里面存放着FFTW3的源代码。
3.编译FFTW3
接下来,您需要编译FFTW3。通过以下命令进入FFTW3源代码目录:
cd fftw-3.3.9
然后在终端中输入以下命令:
./configure && make
这将对FFTW3源代码进行编译。具体地,configure命令将自动检测您的系统配置,并生成Makefile文件,Makefile文件包含了编译FFTW3所需的指令,make命令则将根据Makefile文件开始编译。
您可以加入一些选项来定制FFTW3的编译配置,例如:
./configure –enable-threads –enable-float
以上命令将启用FFTW3的多线程功能,并编译出单精度的库(float)。
4.安装FFTW3
编译完FFTW3后,您需要将其安装到系统中。在终端中输入以下命令:
sudo make install
这将以管理员权限安装FFTW3。您需要输入管理员密码才能继续安装。
安装完成后,FFTW3将被存放在/usr/local/lib和/usr/local/include目录下。
5.测试FFTW3
您可以通过编写一个简单的程序来测试FFTW3。例如,下面是一个计算一维离散傅里叶变换(DFT)的程序:
#include
#include
#define N 16
int mn() {
fftw_complex in[N], out[N];
fftw_plan p;
int i;
for (i = 0; i
in[i][0] = sin(2 * M_PI * i / N);
in[i][1] = 0;
}
p = fftw_plan_dft_1d(N, in, out, FFTW_FORWARD, FFTW_ESTIMATE);
fftw_execute(p);
for (i = 0; i
printf(“%2d %12g %12g\n”, i, out[i][0], out[i][1]);
}
fftw_destroy_plan(p);
return 0;
}
这个程序生成了一个长度为N=16的正弦波信号,并对其进行DFT。最后输出DFT结果。
您可以使用gcc编译该程序:
gcc -o test test.c -lfftw3
其中,-lfftw3选项表示链接FFTW3库。编译完成后,您可以运行该程序来测试FFTW3的安装情况。
本文介绍了如何在Linux系统中安装FFTW3,并给出了一个简单的测试程序。如果您需要使用FFTW3进行科学计算或信号处理任务,安装FFTW3将是必要的。请注意,如果您使用的是Windows系统,安装FFTW3的过程将有所不同。
相关问题拓展阅读:
- 为什么fftw安装后没有mpi
- 为什么编译出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好
为什么fftw安装后没有mpi
首先,你要确认你安装fftw和mpich的路径,然后找到lammps/src/MAKE/Makefile.g++,对它进行编辑修改我的mpi路径是/opt/mpich2,MPI_INC=-DMPICH_SKIP_MPICXX-I/opt/mpich2/includeMPI_PATH=-L/opt/mpich2/libfftw路径是/opt/fftw215,FFT_INC=-DFFT_FFTW-I/opt/fftw215/includeFFT_PATH=-L/opt/fftw215/lib其它的不用改然后打开终春笑行端,在src目录下输入命令:makeg++等待十几分钟最后生成了可执行文件lmp_g++说明安装成功。然后在你的主文件夹下找到.bashrc文件,在最后加入下面的内容LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich2/lib:/opt/fftw215/lib:/home/sky/tools/lammps/src/lib:$LD_LIBRARY_PATH注意按照你自己的安装路径进行扒哗改动。然后用命令source~/.bashrc进行更新。然后lmp_g++就可以用了升则然后。。。然后你该给我分了。
为什么编译出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好
一个可能的原因是 boost 的版本较低。
改进办法是执行如下命令:
# sudo apt-get install libboost-all-dev
然后按照文章步骤安装就可以了,为了便于阅览,我们把步骤也贴在这里:
机器操作系统为 Ubuntu14.04,安装了 CUDA7.5。
在家目录下建立 gromacs 目录做为工作目录下,搭困拷贝了 4 个
安装包
:
openmpi-1.6.5.
tar.gz
fftw-3.3.3.tar.gz
cmake-2.8.9.tar
gromacs-5.0.4.tar.gz
1.安装 openmpi
$ cd ~/gromacs
$ tar –xvf openmpi-1.6.5.tar.gz
$ cd openmpi-1.6.5
$ ./configure –prefix=/opt/openmpi
$ sudo make
$ sudo make install
2.安装 fftw
$ 察枝哗cd ~/gromacs
$ tar –xvf fftw-3.3.3.tar.gz
$ cd fftw-3.3.3
$ ./configure –prefix=/opt/fftw –enable-float –enable-shared
$ sudo make
$ sudo make install
3.安装 cmake
$ cd ~/gromacs
$ tar xvf cmake-2.8.9.tar
$ cd cmake-2.8.9
$ ./bootstrap
$ sudo make
$ sudo make install
4.编译 gromacs GPU 版本
$ cd ~/gromacs
$ mkdir build-gpu
$ cd build-gpu
$ sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include -DGMX_MPI=ON –DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.0.4-gpu
$ sudo make
$ sudo make install
步骤 4 编译 gromacs 时,cmake 步骤如果有如下提示信息的话,败行说明 boost 版本低:
配置环境变量:
$ vi ~/.bashrc
增加如下内容:
export PATH=$PATH:/usr/local/cuda/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/lib64
export PATH=$PATH:/opt/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/fftw/lib
export PATH=$PATH:/opt/gromacs-5.0.4-gpu/bin
保存退出。
关掉当前终端窗口,重新开启一个终端窗口。
下面我们测试一下样例程序在单 GPU 和多 GPU 的数据。
测试服务器配置如下:
CPU:2 颗 E5-2620(6 核心)
内存:64G
GPU:2 片 K80(每片 K80 有 2 核心,所以有 4 个 GPU 设备)
在家目录下建立目录 test,将 ADH_bench_systems.tar.gz 拷贝到该目录下。
$ cd ~/test
$ tar xvf ADH_bench_systems.tar.gz
$ cd adh_cubic
$ grompp_mpi –f rf_verlet.mdp
单 GPU 的调用命令是:
$ mdrun_mpi
或
$ mpirun –np 1 mdrun_mpi
多 GPU 的调用命令是:
$ mpirun –np 2 mdrun_mpi
或
$ mpirun –np 3 mdrun_mpi
或
$ mpirun –np 4 mdrun_mpi
单 GPU 设备执行数据如下图:
2 个 GPU 设备执行数据如下图:
3 个 GPU 设备执行数据如下图:
4 个 GPU 设备执行数据如下图:
linux安装fftw3的介绍就聊到这里吧,感谢你花时间阅读本站内容,更多关于linux安装fftw3,简单易懂!教你如何在Linux系统中安装FFTW3,为什么fftw安装后没有mpi,为什么编译出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好的信息别忘了在本站进行查找喔。
香港服务器首选后浪云,2H2G首月10元开通。
后浪云(www.IDC.Net)提供简单好用,价格厚道的香港/美国云服务器和独立服务器。IDC+ISP+ICP资质。ARIN和APNIC会员。成熟技术团队15年行业经验。